Comme tous les grands estuaires européens, la Baie du Mont-Saint-Michel offre un patrimoine archéologique spécifique et spectaculaire. Elle le doit à plusieurs particularités liées à un environnement exceptionnel. En premier lieu, elle le doit à la richesse des ressources littorales telles que le poisson et le sel. Elle le doit également à des conditions géologiques rarement rencontrées : d'une part, une sédimentation continue pendant toute la durée de l'Holocène récent (depuis 6.300 ans avant JC), et d'autre part, à l'omniprésence de l'eau, qu'il s'agisse de l'eau douce de la nappe phréatique ou de l'eau salée apportée par le battement des marées. Par la qualité de la conservation des vestiges au sein de sédiments fins vaseux ou sableux, les sites dits « en milieu humide » constituent une des priorités actuelles de la recherche archéologique.

Les fouilles en cours (cofinancées par le Ministère de la Culture et de la Communication - DRAC-service régional de l'archéologie - et le Conseil Général de la Manche. Le Groupe de Recherches Archéologiques du Cotentin assurant la gestion de ces moyens) portent sur 3 grands ensembles s'étendant de la plage de Pignochet aux falaises de Champeaux:
- au sud, des pêcheries en bois du début du Bronze ancien (vers 2000 ans avant JC en date calibrée)
- au nord, des pêcheries médiévales mêlant digues de pierre et palissades en bois
- au centre, un ensemble de structures circulaires en pierres (avec parfois des pieux de bois), non datées et probablement également liées à la pêche.

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